日本分子生物学会

November 2018
飽和曲線の傾きに合わせて編隊を変える雁
When drawing a saturation binding curve of two proteins, there is a way of plotting the concentration of the free form of one of the pair on X axis, and the ratio of the other that is forming complex on Y axis. In this case, the slope of the curve is small if their affinity is low (i.e. large dissociation constant (K_d)); however, the slope is large if the affinity is high (i.e. small K_d). In this drawing, two flocks of wild geese are flying along two line-shaped clouds that are likened to saturation binding curves. The geese along the lower, gentle-slope cloud are flying apart as if their affinity is low. On the other hand, the ones flying along the steep-slope cloud in front of the moon are gathering together as if their affinity is high. For drawing this image, we referred to the research paper by Sadaie et al. (2014) Mol. Cell. Biol., 34:3272-3290, DOI: 10.1128/MCB.00087-14 that reports in vivo K_d values.
2つのタンパク質間結合の飽和曲線では、X軸に片方のタンパク質の遊離濃度を、Y軸にもう一方のタンパク質が複合体を形成している割合を示すことがある。その場合、両者の親和性が低い（解離定数K_d が大きい）ときは曲線の傾きが小さいが、親和性が高い（K_d が小さい）ときは曲線の傾きが大きい。この絵では、飽和曲線に模した2筋の線状の雲に沿って2つの雁の群れが飛んでいる。下方の、傾きの小さい雲に沿って飛ぶ群れは、まるで互いの親和性が低いように分散して飛んでいる。一方、大きく傾き月の手前を横切っている雲に沿う群れは、親和性が高いかのように互いに密着している。作画にあたり、in vivoでのK_d 値を報告しているSadaie et al. (2014) Mol. Cell. Biol., 34:3272-3290, DOI: 10.1128/MCB.00087-14 を参考にした。