Genes to Cells 27巻3号

Hi-C菱餅
The Hi-C method (a method to examine genomic regions that are close to each other in the nucleus by fragmenting and ligating cross-linked nuclear chromatin and then reading the paired-end sequences by NGS) has revealed the existence of structural units called topologically associating domains (TADs) that are separated by insulators in the genome. When the results of the Hi-C method are drawn as a heatmap, TADs appear as characteristic diamond-shaped signals, with deeper colors indicating the higher probability that regions of the genome are closer to each other. We drew them on Hishimochi rice cakes (diamond-shaped rice cakes), an essential decoration for the Japanese Doll's Festival on March 3. We thank Drs. Ichiro Hiratani and Hisashi Miura (RIKEN BDR) for providing the data.
Hi-C法（クロスリンクした核クロマチンを断片化・リガーゼ処理し、NGSでペアエンドの塩基配列を読むことで、核内で互いに近接しているゲノム領域を調べる方法）により、ゲノムにはインシュレーターにより隔てられたtopologically associating domain（TAD）という構造単位が存在することが明らかとなってきた。Hi-C法で得た結果を、ゲノム上の領域どうしが互いに近接している確率が高いほど色が濃くなるヒートマップとして描くと、TADが特徴的なダイヤモンド型のシグナルとして浮かび上がる。それを、日本の3月3日の桃の節句の飾り付けに欠かせない菱餅の上に描いてみた。データを提供していただいた平谷伊智朗博士と三浦尚博士（理研BDR）に感謝申し上げる。

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